内容为－－被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，美耐巴·扎比）奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。 随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽，而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉，并且将箱之钥匙－－“机动战士高达独角兽”托付给他。 随后，一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了……
尽管如此，勤劳而坚韧的梅琳达在日常练习中仍然坚定不移，相信有一天她会释放出一种震撼他人的力量。库法（由小野优树配音）被送到梅莉塔身边担任她的导师。事实上，库法的真实身份是白夜骑兵队的杀手。上级命令库法接近梅琳达，一旦证实她确实无法使用自己的能力，她就会被暗杀。然而，梅琳达的乐观和坚持逐渐打动了库法。
