值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
正在享受短暂假期的浅野素子少校（坂本正也配音）突然接到蝙蝠（松田贤一郎配音）的报告，称西部一栋建筑遭到恐怖分子袭击，政府官员和商业巨头被杀。在旭川的指挥下，石川、波马、帕斯、巴特和九堂课的其他人共同努力，彻底制服了恐怖分子。
拜泡沫经济时代所赐，为某意大利高级服饰品牌担任推广任务的清水尚实（饭岛直子 饰）一度过上了挥金如土、养尊处优的奢华生活。谁知总公司破产的事实让她一夜之间从天上跌到人间，高级公寓被收、男友跑路、债主盈门，惶恐不安的第一个念头选择逃跑，谁知却不慎和自行车快递员横田重一（矢部浩之 饰）相撞，导致对方骨折。病床上的横田无法工作，而尚实也无法支付医疗费，万般无奈之下她只得硬着头皮替对方担当起自行车快递员的工作。在这个挥洒汗水、出卖力气的未知领域，尚实遇到了横田的同事铃木宏法（草剪刚 饰），水火不相容的二人展开了别别扭扭的相处。 而随着时间的流逝，尚实似乎又在自行车快递的过程中体会到前所未有的人生意义……
