夏天来临之际,病情一直很平稳的由美,晕倒在了学校里,此时的上条恰恰好不在她的身旁。之后,由美休了学,决定前往轻井泽疗养。本来只是为了完成任务的上条,在和由美的相处之中渐渐的真心爱上了这个单纯烂漫的可怜女孩,但这段感情注定是绝望的,要以死亡来做句读。
另一方面,被称为“风之王国”的“空中骑士”的“神秘女武神部队”开始行动。在“原始文明遗产”之谜的交织中,银河系之外的激情爱情和友谊的故事拉开了序幕。《时空要塞》的新动画《时空要塞Δ》于2014年10月发布。该片名于2015年9月正式确定,并于同年10月29日举行了制作新闻发布会。12月31日播出了一个特别节目。