一天，瑞德的老熟人利特（高尾乐器配音）突然来到瑞德的药店。事实证明，她从各种消息来源得知，瑞德就是当年失踪的吉迪恩。慢慢地，丽塔留在了药店，一边帮助她工作，一边开始与瑞德同居。之后，瑞德的妹妹鲁蒂（由大口直美配音）和瑞德的前战友阿兰德拉（由田雨弥配音）也出现在瑞德身边。
革命历228年，E.U.联盟联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）和中尉阿基德（入野自由 配音）在巴黎期间化险为夷，将企图绑架吉恩·史麦拉斯将军（石冢运升 配音）的11区日本少年成濑幸也（松冈祯丞 配音）、佐山流（日野聪 配音）和香坂彩乃（日笠阳子 配音）招募到W Zero部队。在另一边的帝国内，信·修加·夏音度（松风雅也 配音）成功篡位，被封为圣米迦勒骑士团的团长，即将迎来和阿基德的宿命重逢。E.U.联盟对成濑等人充满不信任感，时刻密切监视着他们。不久，联盟决意将W Zero部队空投至帝国的腹地华沙执行死亡任务。蕾拉坚持和阿基德以及新加入的三个战士同往，等待他们的是圣米迦勒骑士团的强敌……
