然而，Asawa在手术中意外感染了一种神秘的病毒。在西部发生恐怖袭击的同时，远郊的一座大坝发生了爆炸。新宾县刑事警察Tuogusa（由Shinigaki Tsuru配音）传唤了来自饱受战争蹂躏的卡森共和国的大坝管理企业负责人沙特阿拉伯博士。在高级警官的压力下，Togusa没有收到任何有用的信息。另一方面，草剃一方得知了恐怖分子的真实身份，那就是卡尔迪斯的游击队组织。这两起案件之间出乎意料的联系背后的真相是什么？本片改编自十郎政宗的原作，是《攻壳机动队》前传《ARISE》的第三部。
为了拜师学艺，真来到了里菜家中，这才发现原来里菜还有一个名叫梦未（富田美忧 配音）的家里蹲妹妹。 因为星里卫因为要参加世界巡演，所以总是不在家，而里菜又是一个女子力为零的冒失鬼，于是，真在误打误撞之中成为了星里家的见习管家。城市里活跃着一位号称“幻幻”的魔法怪盗，而真对里菜的昵称也是“幻幻”，这两人之间是否有着千丝万缕的关联呢？
这个被称为“疫苗世界”的地方在维度上与地球不同，是一个和平稳定的世界，四季如春。有一天，被封在那里的病毒之王“黑暗恶魔”逃跑了，朝着地球的方向逃跑。被这件事困扰的疫苗行业女神玛雅命令学徒守护兽麦丸追捕黑暗恶魔和他们所生的病毒。
