救了青叶的是名叫弓原雏（早见沙织 配音）的少女，表面上看来她不过是青叶的同班同学，可实际上，雏来自于未来，专程为了保护青叶而潜伏在他的身边。一场意外将青叶和雏带往了未来世界，在那里，青叶亦成为了机体驾驶员，并结识了他一生的挚友迪奥（内山昂辉 配音），在这个充满了危机和战斗的世界中，青叶能够生存下来吗？
2016年，由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者，决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。
三年同班同学却没有说过一句话，这指得就是阿良良木历（神谷浩史 配音）和战场原黑仪（斋藤千和 配音）。二人虽是同班同学，但可以说没有任何交集。本以为就会这样一直下去的阿良良木历因为一次偶然接住了意外从楼梯上跌下来的黑仪。
