在一个人类和敌人之间持续战争的世界里——“未知”。几十年前,在“未知”入侵期间,在冷冻睡眠设施中避难的儿童从睡梦中醒来,得知在他们的身体里发现了一种超自然的力量——“世界”。
《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。
西宫妮子(沙智饰演)天生患有听力障碍,依靠助听器与外界交流,这使得她的口语发音特别独特。在小学时,Niko转到了一所新学校,她特殊的生理缺陷使她在课堂上成为一个突出而独特的存在。