1274年秋天。一艘被流放的船在风暴中驶向对面的马。目的地是马的流放地。宗室宗主国的女儿惠日姬骑马迎接了这艘被流放的船。之后,举行了招待宴会,在宴会上,流亡者得知了一件可怕的事情。
在空地上,小夫(肝付兼太 配音)向大家炫耀现在最畅销的神秘火车的车票,胖虎(立壁和也 配音)和静香(野村道子 配音)恳求小夫也带他们去。这时,大雄(小原乃梨子 配音)急匆匆跑了过来,哆啦A梦(大山信代 配音)已经三天没回家,小夫和胖虎在一旁幸灾乐祸的笑着。晚上,哆啦A梦回来了,原来这三天他跑到了22世纪去买银河列车的车票。第二天晚上,银河列车在后山停站了,大雄和哆啦A梦开始了他们的银河之旅,车长(伊仓一恵 配音)总是笑嘻嘻,很有礼貌。另一边,神秘的生命体降落在了后山,是来自宇宙的寄居物,寄居物将自己附在人类的身体上,来操纵人的大脑,他们的目的是将整个地球毁灭掉。 在车上奇奇怪怪的事情发生不断,大雄在车厢外看到了一个忍者,小夫说看见了海盗,胖虎则看见了恐龙。哆啦A梦告诉大雄他们出现了一伙“神秘黑色影团”。遭到黑色影团的袭击后,列车在一颗行星上停下了,而冒险这才刚刚开始……
十七岁的桐山零(河西健吾 配音)是一名将棋棋士,悲惨的童年遭遇让他自幼便失去了家人,这么多年来一直背负着沉重的记忆独自生活,长此以往,零已经习惯了压抑自己的感情,在心房周围筑起了无法撼动的高墙。