唯一一个能够给与尼禄作战的人们和世界各地背井离乡的人们带来和平与治愈时刻的航空团体是他们的“联盟空军航空魔法音乐队的光荣女巫”。与在战斗中保护所有人的联合作战航空集团女巫完全相反的航空集团，作为“非战斗女巫”，用“歌曲和音乐”来保护每个人的笑容！
高中时代的晴树学习很差，全赖美女家庭教师绪泽玛利亚（广末凉子 饰）带他重拾信心，可是短暂的爱恋过后玛利亚便从他的生活中消失。而此时此刻，与玛利亚长得一模一样的艺术总监肘井基子（广末凉子 饰）涉嫌金钱诈骗和连环杀人遭警方逮捕，在社会上引起轩然大波。 好似命运的捉弄，让分别长达十年的二人在如此境遇下重逢，曾经圣女般纯洁的玛利亚和戴着嗜血面具的恶女基子，究竟有着怎样的关联？
2031年，由于作为下一代能源设备开发的“量子反应堆”的爆炸，世界发生了巨大变化。从地下传播的突然闪光吞没了城市建筑，覆盖了土地，最终，超越并融合了生物学、机械和植物的未知而独特的进化有机体“B.R.A.I”出现了。
