可是父亲突然神秘失踪，因为联络不上父亲而担心的千鹤决定女扮男装前往京都探访。在那里，她所看见的是，与饥渴地寻求鲜血的妖怪所战斗并制伏他们的新选组的队士们。千鹤与新选组结下了奇妙缘分，并因缘际会之下加入了新选组。在搜索失踪父亲的主人公面前，出现了神秘的刺客们，逐渐明朗化地新选组的秘密——罗刹的存在。 在狂暴的时代中，在幕末争斗的背后,胸中挥舞着理想与信念之刃的男人们，与黑暗的战斗也拉开了序幕......
这个故事告诉了一群疯狂的科学家为了追求他们的梦想，开发了一种机器，可以用几个基因复制神奇宝贝，并将世界上最强的神奇宝贝复制成一个比幻想能力更强的超级梦想。但当超人醒来时，他逃跑了，因为他找不到真实的自己。
