2116年に起きた東南アジア連合・SEAUnでの事件後、狡噛慎也は放浪の旅を続けていた。南アジアの小国で、狡噛は武装ゲリラに襲われている難民を乗せたバスを救う。その中には、テンジンと名乗るひとりの少女がいた。2029年3月某日,某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵,众多外国使节及其同侪眷属沦为人质,事态十万火急。草薙素子(坂本真绫 配音)召集巴特(松田健一郎 配音)、陀古萨(新垣樽助 配音)等得力属下,并制定了周密的营救计划。