新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来， 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员， 与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！ 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身！SHINKALION！
一次偶然中，一个来自外星的小宝宝路路（金井美香 配音）降临到了未梦的身边，随之而来的，还有一只名叫威猫（千叶千惠巳 配音）的小猫。一个小小的家庭就这样组成了，只不过，未梦对外宣称路路是自己的弟弟。在学校里，彷徨是极具人气的校园偶像，姬丝汀（池泽春菜 配音）就是彷徨后援团中的一员。
虽然对这一突发事件感到困惑，裕太仍然在同班同学内海将以及宝多六花、新条茜等人的帮助下过着每一天。 然而，平稳的日常被突然现身的怪兽轻易地踏碎——。
