2071年，随着超光速导航技术的实施，人类能够在太阳系内方便地移动。然而，由于设计错误，这项技术在月球上引发了爆炸，吸引了无数月球碎片飞向地球，造成了前所未有的灾难。幸存的人类逃离地球，开始在整个太阳系建立家园。
圆木和他的女朋友放映了一部他们认为是自杀朋友一生的电影，但他们发现这只是一些常见的东京风景。圆木在东京的街道上寻找朋友们拍摄过的地方，他也想拍摄。他总是觉得，如果他找不到朋友的死因，他就无法平静下来。我女朋友觉得这件事很无聊，多次干扰拍摄。后来，他的女朋友被一个素不相识的男人强奸，元木精神错乱，自杀了。他甚至亲眼目睹了自己的死亡。最后，圆木不知道他的朋友是否是在电影中留下遗书自杀的。
由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光 配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成 配音）四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。 就这样，理树成为了LB中的一份子，整日奔波解决一些说来宏大但其实十分平凡的委托。在相处的过程中，本来行为举止十分怪异的同伴们渐渐的变得可爱起来，理树也逐渐敞开了紧闭的心门，找回了久违的快乐。他开始明白，只要有一颗开朗向上的心，这样的生活一定能够继续下去直到永远。
