Wille指示Akira（由Yuko Miyamura配音）和Shinri（由Masayama Sakamoto配音）夺回被封在卫星轨道上的Choku飞船和Hina Shinji（由Keimei Ogata配音），但Shinji被绝对禁止登上Choku飞船。无知的真嗣感受到了周围的敌意，跟随Ayanami（由Hyumi Lin配音）登上了突然入侵的9号航班，回到了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外地与朝思叶心目中的Ayanami重聚。他还从父亲那里得知，他将与漂亮的年轻人石田正久一起驾驶第13架飞机。时隔14年，其间的沧桑和情感纠葛让真嗣不知所措。看似温和的长崎为他揭示了各种不可思议的真相。。。这部电影是长荣新剧场版三部曲的第三部。
小新今年5岁。不要认为他是那种无知的孩子。他其实还是个小孩子，喜欢他漂亮的妹妹。他收养了一只像棉花糖一样的流浪狗——小白，经常讲一些愚蠢的黄色笑话。小新的母亲梅雅是一名全职家庭主妇。她大大咧咧，有点神经质，经常被小新取笑到不知所措的地步。
