元军攻打日本之际,中国大陆的妖怪为了得到死者魂魄亦东渡日本。在这里,他们遭遇了犬夜叉的父亲斗牙王。经过一番艰苦鏖战,大陆妖怪最终被封印在斗牙王的牙齿中。 时间回到战国时代,四魂之玉的一枚碎片飞到不归之森,唤醒了大陆妖怪首领之子玛瑙丸。半空之中,漂浮着闪烁着多彩光芒的“知识之箱”,那里面藏着数不尽的世界、时间和人类。杜娅尔(种田梨沙 配音)与多萝茜(佐仓绫音 配音)穿梭于“知识之箱”之中,与侵蚀各个世界的病毒作战。凡是被病毒污染的世界,必须尽快予以消除。