在一片宁静的小山村,少女渡濑明日菜(金元寿子 配音)时常站在山顶,用父亲留给她的神秘矿石作二极管,收听着来自外面世界的美妙音乐。在一次放学途中,明日菜遭到一头怪兽的袭击,关键时刻她被俊美少年瞬(入野自由 配音)救下,纯洁的友谊在少男少女之间开始萌芽。明日菜体味着友谊的甜蜜,却不知瞬在某天悄然离开人世。新来的男老师森崎龙司(井上和彦 配音)为孩子们讲述了死国的传说,明日菜这才意识到瞬正是来自另一个世界雅戈泰的人。森崎真实身份隶属某个神秘组织,他和明日菜的心中都有想要复活的人,于是经过一波三折,他们随着瞬的弟弟心一同来到了传说中的雅戈泰。 在这个绝美而凄惶的国度,他们展开了似乎永无止境的旅程……
庆应三年——幕末动乱时代。 由于将军德川庆喜的大政奉还,江户幕府濒临解体,幕府与讨幕派的对立日渐激化。近藤勇、土方岁三率领的新撰组,在经历油小路事件后遭受重创,即使如此仍然决定向庆喜效忠。