宿命的相逢之后，佐佐木小次郎（鶴田浩二 饰）苦练技艺，一心打败宫本武藏（三船敏郎 饰）。这之后，小次郎来至江户谋求官职，期间与同在江户的武藏邂逅，两人约定东门决斗。然决斗前夜，武藏致信请求将决斗延期一年。
然而，Asawa在手术中意外感染了一种神秘的病毒。在西部发生恐怖袭击的同时，远郊的一座大坝发生了爆炸。新宾县刑事警察Tuogusa（由Shinigaki Tsuru配音）传唤了来自饱受战争蹂躏的卡森共和国的大坝管理企业负责人沙特阿拉伯博士。在高级警官的压力下，Togusa没有收到任何有用的信息。另一方面，草剃一方得知了恐怖分子的真实身份，那就是卡尔迪斯的游击队组织。这两起案件之间出乎意料的联系背后的真相是什么？本片改编自十郎政宗的原作，是《攻壳机动队》前传《ARISE》的第三部。
