一场大火烧毁了初中生南云隆(山田美玲配音)赖以生存的公寓。此外,父亲不见踪影,一贫如洗的南云在茫茫城市中漫无目的地游荡,最终昏倒在街头。幸运的是,南云得到了一名女大学生和志敏儿(高桥智秋配音)的帮助。
那里,是威胁和平的人类之敌“恶魔党”大施淫威,与之对抗的Gatchaman率领的“科学忍者队”不停战斗的世界。 但,在对于这个世界的样子感到违和感的他们面前,一个男人的身影出现了。那是科学忍者队的创设者南部博士。对本应相识的健露出诡异表情的南部,向英雄们说出了意想不到的话语。“看来你们似乎是我的敌人”……。 此外,还有一个一直在楼顶窥视他们的身影。那是曾和健一同并肩对抗恶魔党的,科学忍者队No.2。 其名为“神鹰乔”。 四大英雄的全新激斗,将在银幕上拉开帷幕!
在动画的世界找到了自己的容身之所、逐渐成长起来的5人,开始面对新的苦恼和试炼。