有一次，来自海洋的神秘敌人“塞壬”对人类发动了猛烈的攻击。“蓝色之路”的女孩们以钢铁般的意志力勇敢地与敌人作战，最终击败了对手，守护了人类。然而，随着时间的推移，蓝线内部由于概念上的差异而逐渐出现分裂，产生了一个被称为“红轴心”的大型对立阵营。被称为“灰鬼”的最强英雄企业（石川裕一配音）、每天都很困惑但在关键时刻却出乎意料地被使用的拉菲（长泽玛莉娅配音）、成熟体贴的大黄蜂（山本配音）和性格坚强但心地善良的哈曼（伊藤明配音）面对动荡的局势，当这些年轻女孩再次被推上战场时，会发生什么样的故事？
为了追踪叛忍百足，五代目火影网手（胜生真沙子 配音）命令大和（小山力也 配音）率领小樱（中村千絵 配音）、漩涡鸣人（竹内顺子 配音）、佐井（日野聪 配音）等人前往楼兰。楼兰某处地下藏有蕴含巨大能量的龙脉查克拉，很久以前被第四代火影封印。
