动画的故事舞台设定在现代的涩谷之中。主角织田龙平在小学时目击过憧憬的哥哥的神秘死亡现场。现在是高中生的他,早已摆脱了当时的恶梦。和平常一样练着拳击的某天晚上,他被奇怪的生物咬了一口,坠入了一个和平常不同的梦。
在众多企业向宇宙扩张、构建庞大经济圈的时代,星元122年,一位年轻女孩从墨丘利边疆区来到MS行业最大的企业“贝纳利集团”运营的“Asticacia高等专科学校”。她的名字叫苏莱塔·墨丘利。这个天真的女孩胸前挂着明亮的红光,渐渐走向了新的世界。
她笑着说:“我想成为信长大人的忍者!”目标只有一个,那就是在世界上建立武术!