2010年,小学教员市川新市(哀川翔 饰)变身斑马人,打败了前来入侵的外星人,成为全人类的偶像。但在此之后,市川却神秘消失,行踪不明。转眼15年过去,日本发生巨大的改变。正邪颠倒,罪恶横行。东京更名斑马城,每天都有5分钟被称为“斑马时间”。《机动战士高达 THE ORIGIN》系列的第6作。继续讲述了因父亡故而变成孤儿的卡斯巴尔与阿尔黛西亚,在动荡大时代的洪流之中,面临的又一场人生巨变……标题中的“赤色彗星”便是夏亚·阿兹纳布尔的称号。