对于平淡无聊的日常生活无法忍受的她,创立了一个不可思议的社团——让世界变得更热闹的凉宫春日的团,通称SOS团。 虽然同班同学阿虚、寡言读书少女长门有希、萌萌学姐朝比奈实玖瑠、神秘转校生古泉一树等人都被她牵扯进来,但是阿虚以外的三人却有着凉宫春日不知道的大秘密。
另一方面,“妖精的尾巴”会长马卡洛夫突然下达了公会解散命令,自己也隐藏了行踪。 此后约1年,露西一边做着见习记者的工作,一边收集着散落大陆各处的旧时同伴的情报。 之后,在一年一度的“大魔斗演武”进行取材的某天,结束了修行的纳兹出现在露西面前! 宣告魔导士公会“妖精的尾巴”的复活,怀着同样的信念,纳兹、露西、哈比的寻找同伴之旅开始了!!
中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズ"として平和を守っていたのだった! 戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母・桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズ"をプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流"の名前をかけて“ニンニンガールズ"と真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズ"として受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷり。そして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。 時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。 果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか! ?