《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。在乡下与祖父二人相依为命的淳朴少年小山田耕太,来到大城市的熏风高中,成为这个学校的高中一年级新生。面对新的城市、新的校舍,紧张的耕太意外的被学姐告白了。她,是学校内的第一号大美女,源千鹤。拥有大胸部的千鹤学姐用千方百计,不择手段的诱惑耕太。