故事发生在初音岛,这是一个新月形的岛屿,以其全年盛开的令人难以置信的樱花而闻名。梦幻般的初音岛上发生了一个不可思议的现象,原本不会枯萎的樱花一夜之间突然枯萎了。两年后,初音岛上的樱花再次绽放。C.E.70年2月,地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月,在“非我即敌”的观念驱使下,地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。