1年9班消失不见,朝比奈学姐视其形同路人,甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面,而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时,只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希,一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中,阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。 此时的阿虚,握有连接两个绝然不同世界的钥匙,他面临着重大的选择……
Yasaka Yi(由Buko配音)是一个普通的年轻人,他热爱科学,坚信世界上的一切都可以用科学来解释。然而,有一天,八坂遇到了一个名叫荒山雅子(白石良子配音)的神秘女孩,她的出现和随后的意外事件颠覆了八坂的整个世界观。